Les archives de la Commanderie signalent que la chapelle était dotée de six autels, ce qui démontre la richesse de ses revenus. Le maître-autel, constitué d'une longue pierre de granit, était décoré les jours de fête par « un devant d'autel en cuivre doré ». Cette pierre existe toujours mais elle a été démontée en1870 et intégrée dans le sol du chœur. Des six autels initiaux, il en reste deux.
 
Le mobilier actuel est récent. En 1870, la Fabrique de Plouvien a installé du mobilier en bois provenant de l'église paroissiale : le maître-autel et la table de communion ainsi que la chaire à prêcher.  Cette chaire avec son abat-voix intrigue les visiteurs d'une part parce que c'est peu courant dans une chapelle et d'autre part à cause de ses panneaux sculptés. On peut y observer le glaive et la clé, ainsi que les lettres S et P ce qui s'explique par sa provenance de l'église de Plouvien consacrée aux saints Pierre et Paul.